Hugo Daffner studierte an der Münchner Akademie für Tonkunst, und promovierte 1904 mit einer Doktorarbeit zur Entwicklung des Klavierkonzerts. In den folgenden Jahren war Hugo Daffner für Zeitungen in Dresden und Königsberg als Musikredakteur tätig. Während des Ersten Weltkriegs studierte Hugo Daffner Medizin und erwarb 1920 seinen zweiten Doktortitel. Bis 1933 lebte er in Berlin und war dort im Arztregister eingetragen. Mitte der 1920er Jahre ließ Dr. Hugo Daffner sich selbst in einer Klinik behandeln, womöglich wegen einer bipolaren Störung.
1933 zog Hugo Daffner wieder nach München, wo er ausschließlich als Komponist tätig war. Die NS-Machthaber störten sich an seinem Lebensstil, und inhaftierten ihn im Konzentrationslager Dachau, „um durch eine streng geregelte Arbeit und straffe Zucht […] ihm seine Pflichten gegenüber der Volksgemeinschaft zum Bewußtsein zu bringen“. 1936 starb Dr. Hugo Daffner im Konzentrationslager Dachau unter unbekannten Umständen.